Ο βασικός μάρτυρας της δολοφονίας στα χέρια του οποίου ξεψύχησε ο Αλέξης Γρηγορόπουλος κατήγγειλε ότι παρακολουθείται από αστυνομικούς και δήλωσε ότι δεν δέχεται να παραστεί στη δίκη. Ο εισαγγελέας του Μεικτού Ορκωτού Δικαστηρίου Αμφισσας Χ. Λακαφώσης χαρακτήρισε τη συμπεριφορά «ως άρνηση εμφάνισης και εν δυνάμει απείθεια» διέταξε τη βίαιη προσαγωγή του στο δικαστήριο, αλλά δεν έδωσε καμία εντολή να διερευνηθεί η καταγγελία της παρακολούθησης.
Από την άλλη ο Κούγιας επικαλέστηκε το περιεχόμενο μίας «ανώνυμης» επιστολής, στην οποία «γίνεται λόγος για μια ακραία αναρχική και αντιεξουσιαστική αριστερή οργάνωση με την επωνυμία «Νεολαία- Κομμουνιστική Απελευθέρωση», ηγετικά στελέχη της οποίας είναι αυτόπτες μάρτυρες που έχουν ήδη καταθέσει στη δίκη. Μάλιστα ο ανώνυμος επιστολογράφος αναφέρει τα ονόματα των ηγετικών στελεχών για να υποστηρίξει ότι τα πρόσωπα αυτά στρατολόγησαν στη συγκεκριμένη οργάνωση τον Αλέξη Γρηγορόπουλο, τον φίλο του ο οποίος αρνείται να προσέλθει στη δίκη και άλλους μάρτυρες της υπόθεσης. Επίσης ότι οι καθοδηγητές και τα μέλη της εν λόγω οργάνωσης μετατράπηκαν σε « δήθεν « αυτόπτες μάρτυρες κατόπιν συνεννοήσεως με τρεις δικηγόρους. Και πρόσθεσε ότι η οργάνωση αυτή αφενός μεν ευθύνεται για τα επεισόδια που σημειώθηκαν στην Αθήνα τον Δεκέμβριο του 2008 αφετέρου δε, οργάνωσε την επίθεση σε βάρος των δύο ειδικών φρουρών το μοιραίο βράδυ», διαβάζουμε στο ΒΗΜΑ (9/4).
«Το ΝΑΡ και η ν.Κ.Α. καταδικάζουν και καταγγέλλουν αυτές τις, χωρίς όρια, φασίζουσες μεθοδεύσεις που εξυπηρετούν, τελικά, την πολιτική του αστικού μπλοκ εξουσίας για απονομιμοποίηση των κοινωνικών αντιστάσεων, συκοφάντηση του Δεκέμβρη και περιθωριοποίηση του εργατικού κινήματος», αναφέρει μεταξύ άλλων η επίσημη ανακοίνωση των συντρόφων.
«Επιβεβαιώνουν δε, άλλη μια φορά, την εκτίμηση πως, από όλες τις απόψεις, η δίκη αυτή έχει πολιτικό χαρακτήρα. Η κυβέρνηση του ΠΑΣΟΚ και ο υπουργός «Προστασίας του Πολίτη» είναι υπεύθυνοι για το πολιτικό πλαίσιο και το κλίμα που διαμορφώνουν, μέσα στο οποίο, ο δικηγόρος του δολοφόνου αισθάνεται δυνατός να προκαλεί, να εγκαλεί το δικαστήριο και να προκηρύσσει φρονηματικές διώξεις. Να προωθεί σχέδια ώστε και ο Κορκονέας να έχει την ίδια ευνοϊκή μεταχείριση που επιφύλασσαν στο παρελθόν και στα άλλα «παιδιά» του κράτους και των μηχανισμών του, όπως οι Μελίστας, Καλαμπόκας και Περίανδρος Ανδρουτσόπουλος.
Καταγγέλλουμε στους εργαζόμενους και τη νεολαία αυτές τις επιδιώξεις των διαφόρων κρατικών, φανερών και μη, μηχανισμών και την αντιδραστική πολιτική κράτους και κυβέρνησης που τις εκτρέφει. Έχουμε την πεποίθηση ότι το ίδιο το μαζικό κίνημα των εργαζομένων και της νεολαίας θα δώσει τη δική του μαχητική απάντηση. Στην κατεύθυνση αυτή, καλούμε όλες τις δυνάμεις της αριστεράς να συμβάλουν με την κοινή τους δράση μέσα στο κίνημα».